Trịnh Bồng chạy thoát, dâng biểu về cho Lê Chiêu Thống viết:

"Kiếp này sinh ra lỗi thời, gặp lúc nước nhà lắm nạn, rất lo cho việc tôn miếu xã tắc. Dâng biểu trần tình, rất mong được hoàng thượng cho triều kiến..."

Vua Chiêu Thống ngậm ngùi:

"Tấm lòng thật thà của Bồng, trẫm đã lường biết, chỉ vì không khéo xử sự trong lúc gặp biến cố nên mới ra nỗi như thế. Nếu đã nghĩ lại và biết hối, trẫm sẽ có cách đối đãi, chẳng những giữ được dòng dõi mà cũng không mất địa vị giàu sang."

Nguyên lúc đó vua Chiêu Thống bị Hữu Chỉnh lộng quyền, không làm gì được nên lại có ý hơp tác với Trịnh Bồng. Tuy nhiên, khi Chiêu Thống sai người đi đón ông, Nguyễn Hữu Chỉnh hay tin, mang quân đánh tan quân của Đinh Tích Nhưỡng. Nhưỡng thua nặng, không còn thủ hạ, binh khí, bỏ chúa mà chạy. Trịnh Bồng phải sống lẩn lút ở ven biển và cuối cùng ông bỏ đi tu, tự xưng là Hải Đạt thiền sư, đi khắp vùng Lạng Sơn, Cao Bằng.

Có người học trò là Vũ Kiều ở kinh kỳ chạy loạn lên Lạng Sơn gặp ông ở chùa Tam giáo, nhận ra là chúa Trịnh, bèn nói với các tướng bản địa là Hà Quốc Kỳ và Nguyễn Khắc Trần đón ông về nhà, tính chuyện khởi sự. Ông chắp tay nói rằng mọi người nhận nhầm nhưng Vũ Kiều một mực không chịu, khuyên ông bỏ tu hành để khôi phục cơ nghiệp. Ông khóc nói rằng:

Sức ta đã hết, của không còn mà vẫn không thể giành được với trời, nên đành nín nhịn để giữ lấy thân mình, đâu còn dám làm càn để lại lầm lẫn nữa?

Hà Quốc Kỳ và Khắc Trần thấy Trịnh Bồng nói lộ chân tướng, quyết ý giữ lấy ông để ra lệnh cho quân lính. Tuy nhiên, cả hai người đều là tướng không có tài, muốn lợi dụng việc lập ngôi chúa để mưu đồ riêng. Dân trong vùng không phục, nổi dậy giết chết cả Kỳ và Trần.